Sekolah ini mula dibina pada awal tahun 1954. bangunan pertama ialah sebuahbangunan kayu berukuran 120 kaki panjang, 35 kaki lebar serta 10 kaki tinggi. Dindingnya dari papan dan beratapkan zink. Sekolah Melayu Pantai Kundor ini dibina dengan kos RM1200 ketika itu, di atas tanah seluas 17 po. Dua orang gurupertama iaitu Guru Besar, Tuan Haji Jantan bin Jenub dan Puan Hajjah Maimunahbinti Abdul. Sebanyak tiga buah kelas, iaitu kelas Satu, Dua dan Tiga denganmuridnya seramai 60 orang.
1963
Satu blok baru 5 buah bilik darjah dibina bagi menampung pertambahan bilanganmurid dibawah RMK 2. Dibina di atas tanah Puan Eson bte Isnin ( Ibu Datuk sidang Haji Salleh bin Lemat )
1964
Sekolah dirasmikan oleh YAB Encik Ghaffar bin Baba, Ketua Menteri Melaka ke 2, pada 14 Mac 1964. Bilangan muridnya seramai 98 orang. ( Bangunan ini telah dirobohkan , semasa pembinaan kantin baru pada tahun 1999.
1976
Bangunan tambahan 2 bilik darjah dan 2 buah tandas dibina. Bilangan muridsebanyak 250 orang.Tanah kepunyaan Tuan Haji Kari dan Datuk Penghulu Aman bin Baba. Bangunan ini masih kekal, telah digunakan oleh SRA JAIM PantaiKundor pada sebelah petang. Sekarang sebahagian bilik telah dijadikan surau, bilik darjah kelas j-QAF serta bilik alatan sukan dan Bilik Akses.
1981
Kelas pembelajaran terpaksa diadakan di kantin sekolah kerana pertambahan murid yang mendadak akibat pembinaan kilang-kilang serta kemasukan kanak-kanak dari negara jiran, Indonesia
1984
YB Khalid bin Yunos , selaku Timbalan Menteri Pelajaran telah melawat sekolah dan meluluskan peruntukan sebanyak RM 280,000.00 untuk membina sebuahbangunan 2 tingkat bagi menampung pertambahan murid yang mencecah 700orang ketika itu. Projek pembinaan Loji Penapisan Petronas ketika itu telah mula beroperasi dan
menyediakan banyak peluang pekerjaaan kepada penduduk tempatan serta negara jiran.
1985
Pada 23 Mac 1985, bangunan 2 tingkat telah dibina di atas tanah seluas 31.4 po ,kepunyaan 6 orang penduduk tempatan telah siap dibina dan mula digunakan. Perasmian sekolah ini telah disempurnakan oleh YB Encik Abdullah bin Ahmad Badawai yang ketika itu adalah Menteri Pelajaran Malaysia
1998
Jabatan Pelajaran Melaka meluluskan peruntukan bangunan baru 4 tingkat dengan 12 bilik darjah, dimana ditempatkan pusat sumber, perpustakaan, bilik tayang, Bilik Bahan Bantu Mengajar, Bilik / makmal Sains, Bilik Kemahiran Hidup, BillikDarjah Pendidikan Khas, Bilik SPBT / BOSS, Bilik Gerakan serta dewan serbaguna,dan bilik Wudhuk. Kantin baru juga dibina bagi menampung bilangan murid yang lebih ramai. Bangunan dan kantin itu siap sepenuhnya pada awal tahun 2000.
2005
Makmal komputer SK Pantai Kundor telah siap dibina dan mula digunakan padapertengahan tahun 2005 setelah terbengkalai hamper 3 tahun pembinaannya. Makmal ini dilengkapi dengan 21 set komputer, pencetak, skrin serta talian school-net.
2006
Sekolah ini telah diarahkan membuka Kelas Pendidikan Khas Murid Bermasalah Pembelajaran. Dua orang guru Pendidikan Khas ditempatkan di SK. Pantai Kundor untuk mengajar seramai 6 orang murid pendidikan Khas yang telah dikenalpasti. Kelas ini telah menerima peruntukan JPM sebanyak RM 50,000.00 untuk ubahsuai dan membina ruangan tambahan.
2007
Sekolah menerima peruntukan pusat Akses yang ditempatkan di sebuah bilik yang telah diubahsuai serta berdekatan dengan makmal Komputer. Terdapat 10 buah komputer dan dilengkapi dengan talian schoolnet
